Identificación de genes candidatos de tolerancia a estrés por salinidad en tomate de árbol (solanum betaceum) mediante la técnica de despliegue diferencial de genes

 

Authors

Jaramillo Román, Paulina Viviana

Format

BachelorThesis

Status

publishedVersion

Description

Salinity is one of the main types of abiotic stress that causes serious problems in agriculture worldwide. The tamarillo is an Andean crop which is distributed widely along the Ecuadorian highlands. In this environment this crop is exposed to soil with high salinity because of its volcanic origin, or problems with erosion or irrigation. For this reason, it may be considered as a crop of interest for the identification of response mechanisms towards salinity. One method for genetic expression analysis is differential display. Through this procedure, band patterns are generated and compared between individuals exposed to different treatments, in order to isolate differential bands. Lastly, the sequencing of these bands leads to identifying candidate genes for response towards the treatment applied. The present study used the differential display technique in tamarillo plants to evaluate their response towards salinity of NaCl 100mM in different exposition times. As a result, 171 differential bands were obtained, of which, 99 were isolated and sequenced. From the analysis of these sequences, 42 of the bands found, did not show homology with the database. Of the other 57 bands, 19 correspond to cDNA with no identified function, 10 ribosomal genes and 28 genes that code for proteins. The potentially identified proteins could be classified according to their function in stress resistance, photosynthesis, structure of the secondary cell wall, metabolism and gene expression regulation. Many of the potentially identified genes have been previously reported in other tolerance to abiotic stress studies, thus, through deeper analysis could be used in improvement programs related to salinity tolerance in tamarillo.
La salinidad es uno de los principales tipos de estrés abiótico que causa serios problemas en la agricultura a nivel mundial. El tomate de árbol es un cultivo andino que se encuentra distribuido ampliamente en la Sierra ecuatoriana donde está expuesto a la salinidad de los suelos, tanto por la naturaleza volcánica de los mismos como por problemas de erosión y riego. Por esta razón puede ser un cultivo de interés para la identificación de mecanismos de respuesta a salinidad. Uno de los métodos más sencillos de análisis de expresión génica es el despliegue diferencial. Mediante este procedimiento se generan patrones de bandas que se comparan entre individuos expuestos a tratamientos diferentes, con el fin de aislar bandas diferenciales. Por último, la secuenciación de estas bandas lleva a identificar genes candidatos de respuesta frente al tratamiento aplicado. El presente estudio utilizó la técnica del despliegue diferencial en plantas de tomate de árbol con el fin de evaluar su respuesta a una salinidad de NaCl 100mM en distintos tiempos de exposición. Como resultado, se obtuvieron 171 bandas diferenciales, de las cuáles se aislaron 99 correspondientes a ADNc. Del análisis de estas secuencias se encontró que 42 bandas no presentaron homología con bases de datos. De las 57 restantes se pudo inferir que 19 corresponden a ADNc sin función identificada, 10 a genes ribosomales y 28 a genes que codifican para proteínas. Las proteínas potencialmente identificadas se pudieron clasificar de acuerdo a su función en resistencia a estrés, fotosíntesis, estructura de la pared celular secundaria, metabolismo y regulación de la expresión génica. Muchos de los genes potencialmente identificados han sido previamente reportados en otros estudios de tolerancia a estrés abiótico, por lo que mediante análisis más profundos podrían ser utilizados en programas de mejoramiento relacionados con tolerancia a salinidad en el tomate de árbol.

Publication Year

2013

Language

esp

Topic

Biotecnología
Microbiología

Repository

Repositorio Universidad San Francisco de Quito

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http://repositorio.usfq.edu.ec/handle/23000/2290

Rights

openAccess

License

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