Genetic Diversity and connectivity of eastern pacific humpback whales (Megaptera Novaeangliae, Borowski, 1781) off the coast of Esmeraldas, Ecuador.

 

Authors

Dalgo Andrade, Denisse

Format

BachelorThesis

Status

publishedVersion

Description

The genetic diversity and connectivity of humpback whales (Megaptera novaeangliae) off the coast of Esmeraldas, Ecuador is analyzed. A total of 35 samples of skin tissue were collected using a biopsy darting method during the 2010 and 2011 breeding seasons. DNA was extracted following a modified CTAB protocol. A variable section of the mitochondrial DNA control region was amplified by means of the Polimerase Chain Reaction (PCR). The PCR products were sequenced and a total of sixteen different haplotypes were determined. One of the identified haplotypes corresponded to a new unreported sequence and another one has not been reported in the Southeast Pacific but in Western Australia, New Caledonia and French Polynesia. The remaining 14 sequences were matched to previously reported haplotypes in the Southern Hemisphere and some showed a high identity level with sequences from Alaska, the South Atlantic and Indian Oceans. Haplotype diversity (h±SD) was estimated to be 1.0000 ± 0.0068 and the nucleotide diversity (π±SD) 0.020931 ± 0.010994, which reflected high genetic diversity in the Ecuadorian population of humpback whales. The Analysis of Molecular Variance (AMOVA) showed no significant differences with the populations of humpback whales of Santa Elena-Ecuador, Colombia, and the Antarctic Peninsula but significant differentiation was found between whales of Esmeraldas in the two years of the surveys and between whales of Esmeraldas and the Magellan Strait in terms of haplotype frequencies and nucleotide composition. The phylogenetic reconstruction grouped the 35 haplotypes in three of the four clades present in the Southern Hemisphere. The results of this study will make possible the understanding of connectivity of humpback whales that visit the coastal area of Ecuador with those from Galápagos and other ocean basins.
Se presenta información sobre la diversidad genética y la conectividad de las ballenas jorobadas (Megaptera novaeangliae) que visitan la costa de Esmeraldas, Ecuador durante la época reproductiva. Un total de 35 muestras de piel se obtuvieron mediante dardos de biopsia durante las temporadas de reproducción de los años 2010 y 2011. El ADN de las muestras fue extraído siguiendo un protocolo CTAB modificado. Una sección variable de la región control del ADN mitocondrial se amplificó por medio de la Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). Los productos de la PCR fueron secuenciados y un total de dieciséis diferentes haplotipos fueron determinados. Uno de los haplotipos identificados correspondió a una secuencia nueva no reportada anteriormente mientras que otro no ha sido reportado antes en el Pacífico Sudeste pero sí en el oeste de Australia, en Nueva Caledonia y en Polinesia Francesa. Las restantes 14 secuencias coincidieron con haplotipos previamente reportados paras el Hemisferio Sur y algunas de ellas mostraron un alto nivel de identidad con secuencias de Alaska, el Atlántico Sur y el Océano Índico. Se estimó un valor de 1,0000 ± 0,0068 para la diversidad de haplotipos (h ± SD) y de 0,020931 ± 0,010994 para diversidad de nucleótidos (π ± SD) lo que refleja una alta diversidad genética en la población ecuatoriana de ballenas jorobadas. El análisis de varianza molecular (AMOVA) no mostró diferencias significativas con la población de ballenas de Santa Elena-Ecuador, Colombia, y la Península Antártica, pero sí se encontró diferencias significativas entre las ballenas de Esmeraldas en los dos años de muestreo y entre las ballenas de Esmeraldas y el área de alimentación del Estrecho de Magallanes, tanto en términos de frecuencias de haplotipos como de composición de nucleótidos. La reconstrucción filogenética agrupó a los 35 haplotipos en tres de los cuatro clados presentes en el hemisferio sur. Los resultados de este estudio facilitarán la comprensión de la conectividad de las ballenas jorobadas que visitan las aguas costeras del Ecuador con aquellas de Galápagos y de otras áreas oceánicas.

Publication Year

2013

Language

esp

Topic

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Repositorio Universidad San Francisco de Quito

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http://repositorio.usfq.edu.ec/handle/23000/2067

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